Het Eckartcollege onderscheidt leerlingen die algemene (“gewone”) begeleiding en leerlingen die speciale zorg nodig hebben. De algemene begeleiding wordt verzorgd door: mentoren, vakdocenten en Mini-mentoren.

Voor de hoogbegaafde leerling is er individuele begeleiding door 3 tutoren en 2 Echa-docenten.

Speciale leerlingbegeleiding wordt gecoördineerd door de zorgcoördinator. Dit gebeurt wanneer zich leerproblemen of keuzevragen voordoen en bij vragen op het gebied van persoonlijkheidsontwikkeling en sociaal-emotionele ontwikkeling. Het team Studiehulp en Zorg coördineert de hulp bij leerproblemen.

Onder de speciale zorg vallen: 
Studiebegeleiding
Remedial teaching
Reteaching
Leerlingbegeleiders 
Vertrouwenspersonen
Vertrouwensleerlingen
Decanen
Moderamen